تقوم الهيئة الخيرية الفلسطينية للتنمية والإغاثة بتلقي طلبات بناء المساجد داخل فلسطين وخارجها، ومن ثم دراستها وزيارة مواقعها واستكمال مستنداتها، وتصميم المخططات وإعداد جداول الكميات وتسويقها على أهل الخير لكفالتها، كما تتولى طرح مناقصات بناء المساجد وإجراء عملية فتح مظاريف المقاولين والبت في إجراءات الترسية، وتوقيع العقود، ومتابعة مراحل المشروع وتزويد المتبرعين بتقارير دورية عنه.